慶長6年（1601年）に、徳川家康は国内数学の発展を図るため、下野足利学校弟九代学頭・三要元佶（閑室）禅師を招き、伏見に圓光寺を建立し学校とした。
その後、圓光寺は相国寺山内に移り、更に寛文7年（1667年）現在の一乗寺小谷町に移転された。
圓光寺では日本で初期の活字本の一つである「伏見版」の印刷事業が行われ、孔子家語・貞観政要など多くの書籍を刊行し、これらの書物は「伏見版」または圓光寺版と称された。
また、出版に使用された木活字が現存しており、我国出版文化史上特筆すべき寺院といえる。
寺内には本尊千手観音像（伝運慶作）奉られ、円山応挙筆、絹本着色開山元佶禅師像・紙本墨画竹林図屏風六曲・近世初期製作の木製活字五万個（重要文化財）がある。
境内、山手に延びる階段を上ると山上には徳川家康を祀った東照宮がひっそりと存在する。
墓地内には村山たか女（花の生涯のヒロイン）や、マレーシア留学生オマーアル氏（広島原爆にて死亡）の墓がある。
本堂前には手水鉢と水琴窟が置かれて妙音を呈し、十牛の庭と呼ばれる庭園には洛北で最も古い池栖龍池があり、春の新緑、夏の百日紅の花、秋は知る人ぞ知る、紅葉の名所。
苔の道
